RICERCA
Temi di ricerca:
Sviluppo di una funzione di scoring basata su force field empirico: HINT software. (Collaborazione Prof. Abraham e Kellogg, Virginia CommonwealthUniversity, Richmond – VA)
http://www.edusoft-lc.com/
Studio delle interazioni a piu’ corpi nei sistemi proteina-ligando, proteina-proteina-proteina-DNA: l’importanza dell’acqua e dello stato di protonazione.
Sviluppo di un metodo per la predizione del ruolo dell’acqua nei sistemi biologici basato su dati sperimentali di LogP
Analisi della flessibilita’ proteica nel virtual screening (Recettore degli estrogeni, triptofanosintasi)
Progettazione di recettori calixarenici per piccoli guests organici
Progettazione di chemosensori basati su ciclodextrine per il riconoscimeto di micotossine in tracce nei cibi (collaborazione Prof. Marchelli, Prof. Ingletto, Facolta’ di Agraria dell’Universita’ di Parma)
Metodi computazionali, e sperimentali per l’analisi di inquinanti alimentari (Progetto SEQUAL)
Progettazione di peptidi e peptidomimetici antitumorali (collaborazione Prof. Parodi, Universita’ di Genova e Istituto Superiore Tumori, Genova)
Progettazione di farmaci antinfiammatori e farmaci antitrombotici (collaborazione Prof. Vicini, Facolta’ di Farmacia dell’Universita’ di Parma)
Homology modeling e simulazione computazionale per lo studio di ligandi del recettore della serotonina 5HT1A (collaborazione Prof. Grccione, Universita’ di Catania e Prof. Sylte, Universitete y Trombo)
Bibliografia recente:
Marabotti A., Cozzini P., Mozzarelli A.
Novel allosteric effectors of the tryptophan synthase a2b2 complex identified by computer assisted molecular modelling
Biochimica et Biophysica Acta 1476 (2000) 287-299
A.Marabotti, L.Balestreri, P.Cozzini, A.Mozzarelli, G.D.Kellogg, D.J.Abraham
HINT predictive analysis of binding between retinol binding protein and hydrophobic ligands
Bioorg.Med.Chem. Lett. 2000 Sep 18;10(18):2129-32
R.Borromei, P.Cozzini, S.Capacchi, M.Cornia
Databases of C-Glycosyl Porphyrins in Web fashion
J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2000 Sep-Oct;40(5):1199-202
M.Lazzarotto, F.Sansone, L.Baldini, A.Casnati, P.Cozzini, and R.Ungaro
Synthesis and properties of Upper Rim C-linked peptidocalix[4]arenes
Eur. J. Org. Chem. 2001, 595-602
F.Fochi, P.Jacopozzi, E.Wegelius, K.Rissanen, P.Cozzini, E.Marastoni, E.Fisicaro, P.Manini, R.Fokkens and E.Dalcanale
Self assembly and anion encapsulation properties of cavitand-based coordination cages
J. Am. Chem.Soc. 2001, 123, 7539,7552
Paola Vicini, Franca Zani, Pietro Cozzini, Irini Doytchinova
Hydrazones of 1,2-benzisothiazole hydrazides: sinthesis, antimicrobial activity and QSAR investigations
Eur J Med Chem. 2002 Jul;37(7):553-64
P.Cozzini, M.Fornabaio, A.Marabotti, D.J.Abraham, G.E.Kellogg and A.Mozzarelli
Simple, intuitive calculations of free energy of binding for protein-ligand complexe: 1. Models without explicit constrained water
J. Med. Chem., 2002; 45(12): 2469-2483
P.Cozzini, M.Fornabaio, A.Marabotti, D.J.Abraham, G.E.Kellogg and A.Mozzarelli
Free energy of ligand binding to protein: evaluation of the contribution of water molecules by computational methods
Current Medicinal Chemistry2004 Dec;11(23):3093-118. Review
M.Fornabaio, P.Cozzini, A.Mozzarelli, D.J.Abraham, and G.E.Kellogg
Simple, intuitive calculations of free energy of binding for protein-ligand complexe: I1. Computational titration and pH effects in molecular models of Neuraminidase-inhibitor complexes
J. Med. Chem., 2003; 46(21): 4487-4500
Kellogg, G.E., Fornabaio, M., Spyrakis F., Lodola A., Cozzini P., Mozzarelli A., Abraham D.J.
Getting it right. Modeling of pH, Solvent and “Nearly” Everything Else in Virtual Screening of Biological Targets
J Mol Graph Model. 2004 Jul; 22(6): 479-86.
M.Fornabaio, F.Spyrakis, P.Cozzini, A.Mozzarelli, D.J.Abraham, and G.E.Kellogg
Simple, intuitive calculations of free energy of binding for protein-ligand complexe: II1. Including the free energy contribution of structural water molecules
J. Med. Chem. 2004, 47, 4507-4516.
F. Spyrakis, M. Fornabaio, P. Cozzini, A. Mozzarelli, D.J. Abraham, G.E. Kellogg
Computational Titration Analysis of a Multiprotic HIV-1 Protease-Ligand Complex
J.A.C.S 2004, 126, 11764-11765.
P.Cozzini, T.Dottorini
Docking new ligands having in hand poor experimental data. Estrogen receptor as a case study
Eur. J. Med. Chem. 2004 Jul; 39(7): 601-9.
G.E. Kellogg, M. Fornabaio, D.L. Chen, D.J. Abraham, F. Spyrakis, P. Cozzini and A. Mozzarelli
Tools for building a comprehensive modeling system for virtual screening under real biological conditions
J.Mol. Graphics and Modelling J Mol Graph Model. 2006 May;24(6):434-9
P.Cozzini, M.Fornabaio, F.Spyrakis, A.Mozzarelli, D.J.Abraham, and G.E.Kellogg
Water: How to evaluate hits contribution in protein-ligand interactions
Journal of International Quantum Chemistry 2006, 106(3), 647
T.Dottorini, P.Cozzini
Probing the binding of ligands to estrogen receptor using an empirical system
Journal of International Quantum Chemistry 2006, 106
A.Amadasi, F.Spyrakis, P.Cozzini, D.J.Abraham, G.K.Kellogg and A.Mozzarelli
Mapping the energetics of water-protein and water-ligand interactions with the “natural” HINT forcefield: predictive tools for characterizing the roles of water in biomolecules
J Mol Biol. 2006 Apr 21;358(1):289-309
P. Cozzini and F. Spyrakis
Hydrophobicity in drug design: Practice I.12, Chapter I.
Physicochemical Properties. Practical studies on medicinal chemistry
IUPAC edition.In press. Invited chapter.
F. Spyrakis, L. Giurato, S. Guccione and P. Cozzini
Structural data: the basis for molecular modelling” Practice III.1, Chapter III
Molecular Modeling. Practical studies on medicinal chemistry
IUPAC edition. In press. Invited chapter.
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